La ciudad es sede de dos universidades: la Universidad de Manchester (resultado de la fusión en 2004 de la Victoria University of Manchester con UMIST), y la Manchester Metropolitan University. Estas universidades, junto con la vecina Salford University, y el Northern College of Music, forman una comunidad de más de 65 mil estudiantes universitarios; una de las mayores comunidades universitarias de Europa.

La actual Universidad de Manchester se conformó en el año 2004 con la Universidad Victoria de Manchester (comúnmente conocida como Universidad de Manchester, antes de la fusión), y el University of Manchester Institute of Science and Technology.